بررسی باکتری ها با استفاده از فلوسیتومتری:

سوسپانسیون باکتری ها را می توان در حالت بدون رنگ و همچنین در ترکیب با رنگ های دیگری بررسی نمود.
FITC, Bio-oxonol, DiBAC4(5) یا Hoechst 33342 از جمله رنگ های مورد استفاده جهت لیبل کردن باکتری ها هستند. موارد زیر را می توان با استفاده از فلوسیتومتری در مورد باکتری بررسی نمود:

قابلیت حیاتی، محتوای DNA، پتانسیل غشا و تعداد باکتری

قابلیت حیاتی باکتری:

قابلیت حیاتی باکتری را می توان با استفاده از رنگ های PI یا DAPI بررسی نمود. PI باکتری های مرده و SYTO9 (سبز) نیز نوکلئیک اسید باکتری های زنده با غشایی سالم را رنگ می کند.

محتوای DNA  باکتری:

محتوای DNA باکتری را می توان با استفاده از PI یا Hoechst 33342 بررسی نمود.

پتانسیل غشا:

رنگ Bio-oxonol را می توان جهت بررسی پتانسیل غشای باکتری به کار برد.

تعداد باکتری ها :
باکتری ها ترانسفکت شده با GFP را نیز می توان با فلوسیتومتری بررسی نمود.